Cуществуют различные мнения о влиянии пестицидов на зерновые культуры, окружающую среду и здоровье человека. Одни исследователи считают, что пестициды не могут нанести никакого вреда человеческому организму, так как к моменту сбора урожая они практически полностью разлагаются. Другие утверждают, что после обработки растений данными веществами количество вредителей только увеличивается, так как вместе с ними погибают и хищники, которые их уничтожали. Существует даже такое мнение, что применение пестицидов не только не сказывается отрицательно на технологических свойствах и качестве зерна, но и благоприятно влияет на них. Но более распространенная точка зрения в научных кругах такова, что пестициды при том, что дают огромный производственный эффект, повышая урожайность, иногда отрицательно влияют на состав и свойства зерна и других продуктов сельскохозяйственного производства, а также их остаточное содержание в продуктах пагубно сказывается на здоровье человека и экологии, особенно при возросшей техногенной нагрузке на окружающую среду.

Особый интерес представляют хлорорганические пестициды, так как они имеют способность к длительному сохранению. Чем токсичнее и устойчивее пестицид, тем он опаснее для окружающей среды. Передача и концентрирование устойчивых пестицидов по трофическим цепям — это один из способов отрицательного влияния применения хлорорганических пестицидов. Характерным и  крайне отрицательным качеством ХОП является способность к кумуляции. Вторичное попадание их в организм разными способами в маленьких концентрациях содействует их накоплению и отрицательному влиянию на окружающую  среду.

Накопление прочных химических веществ в пище связано с нарушением правил и несоблюдения требований к их применению, хранению, с завышением концентраций препарата, неисполнением сроков последней обработки растений перед сбором урожая (время ожидания) и др.

 Хлорорганические соединения при влиянии на растения значительно нарушают физиологические и биохимические процессы. Если пестициды применяют в умеренных дозах при оптимальных условиях температуры, достаточном количестве доступных растениям питательных веществ, отсутствии дефицита влаги, это объясняет стимулирующее влияние препаратов на защищаемые растения, их развитие и рост, накопление ценных компонентов. Более существенный результат проявляется при использовании инсектицидов в промежуток интенсивного роста растений. Использование химических веществ в повышенных дозах приводит к глубоким изменениям в обмене веществ растений. На определенном уровне воздействия пестицида растения не могут справиться с нарушениями физиологических функций, наступают необратимые процессы, негативно влияющие на рост и развитие, а в некоторых случаях приводят к их гибели. 

Требования к качеству и безопасности зерна, муки и хлеба тесно взаимоувязаны между собой. Переработка зерна с примесью проросшего зерна, зерна, поврежденного клопом-черепашкой, свежеубранного, морозобойного, высушенного при высокой температуре вызывает низкое качество хлеба. Такая мука имеет низкое содержание и слабое качество клейковины, повышенную или пониженную ферментативную активность. Хлеб из такой муки получается низкого объема, с крошковатым или заминающимся мякишем, быстро черствеет или плесневеет, а также опасен для употребления. Это вызывает необходимость контроля качества и безопасности зерна на всех стадиях его обращения, включая мониторинг  качества зерна нового урожая, контроль качества и безопасности при хранении, переработке и реализации. Зерно живой организм, в котором происходят процессы метаболизма и который реагирует на изменение внешних параметров хранения. Содержание остаточных количеств пестицидов в зерне, применяемых при его выращивании, требует дополнительных исследований. В целом работа, проводимая с использованием химических средств в растениеводстве, требует соблюдения строгих правил и тщательного контроля.

 Во всех видах продовольственного сырья и пищевых продуктов в соответствии с ТР ТС 015/2011 «О безопасности зерна» и ТР ТС 021/2011 «О безопасности пищевой продукции» контролируются только гексахлорциклогексан (ГХЦГ и его α, β, γ- изомеры), ДДТ и его метаболиты, гексахлорбензол для пшеницы.