Основная причина развития всех заболеваний при хранении – общее ослабление лука в процессе выращивания. К этому могут привести  неблагоприятные погодные условия, в которых проходил период вегетации: нехватка питательных веществ, резкие температурные перепады, недостаток или избыток влаги.

Из всех болезней лука в период хранения серая шейковая гниль — самая распространенная и вредоносная. Это грибное заболевание проявляется в конце вегетации перед уборкой лука, но чаше оно начинается спустя 1—1,5 месяца после уборки и развивается в процессе всего периода хранения. Оптимальная температура для развития возбудителя 20 °С, но и при 4 °С гриб продолжает свою жизнедеятельность. Рост и развитие патогена прекращается лишь при 0 °С.

Проявляется болезнь гниением шейки,  которая размягчается и вдавливается,  потом гниль переходит вниз до самого донца.  Внешние чешуйки луковицы сморщиваются, а внутренние начинают гнить и покрываются сероватым налетом плесени с чёрными точками, склероциями. Ткань луковицы становится буроватого цвета, размягчается и  на разрезе имеет вид вареной луковицы  с неприятным запахом. При поражении всех чешуй луковицы мумифицируются. В период хранения больные луковицы могут вызвать повторное заражение соседних здоровых луковиц. Как правило, в это время гниль начинается сбоку или от донца луковицы, а также способствует перезаражению и ранний выход луковиц из состояния покоя при условии повышения в хранилище температуры и влажности.

Источником инфекции служат посадочный материал, растительные остатки и семена.

Меры борьбы: Соблюдение севооборота с возвра­том лука на прежнее место не ранее чем через 3— 4 года. Тщательный сбор и удаление с огорода рас­тительных остатков. Глубокая перекопка почвы осе­нью с заделкой остатков растений. Отбор для посадки здоровых луковиц, выбраковка и уничто­жение больных. Лук-сеянку высевать по возмож­ности дальше от посадок лука-репки. Ранний срок посева и посадки лука. Уборка лука при полном пожелтении листьев, высушивание его на солнце, а во влажную погоду — под навесом в течение 7— 10 дней. При обрезке лука оставлять шейку длиной не менее 3—4 см. На хранение закладывать луко­вицы, хорошо просушенные, с подсохшими корня­ми. Периодическая переборка лука во время хране­ния с удалением больных луковиц.