Основными  видами деятельности являются:

- организация работ по формированию и контролю  исполнения согласованных Планов Государственного задания по видам государственных работ в закреплённой зоне обслуживания;

- взаимодействие с Территориальными Управлениями Россельхознадзора по вопросам исполнения Государственного задания по зоне обслуживания;

- разработка для Учреждения в целом и его подразделений долгосрочных и текущих планов, координация в данной области деятельности;

- оперативное информационное обеспечение деятельности всего Учреждения и его подразделений;

- обеспечение руководителя Учреждения, Территориальных Управлений Россельхознадзора в зоне ответственности, органов государственной ветеринарной службы, информацией по результатам выполнения государственных заданий;

- осуществление, в пределах компетенции отдела, консультативной, методической и практической помощи специалистам территориальных управлений Россельхознадзора, государственной ветеринарной службы субъектов в организации и проведении государственных заданий;

- подготовка предложений в соответствии с действующими нормативными и методическими документами, сложившейся эпизоотической, экологической, в том числе радиологической ситуации, о характере, объёмах и порядке исследований образцов по государственным заданиям на закреплённой территории, обеспечение оперативного контроля их выполнения в установленные сроки;

- анализ эффективности проводимых исследований по государственным заданиям, внесение на рассмотрение руководства Учреждения, территориальных Управлений Россельхознадзора, предложений о совершенствовании планов работ;

- осуществление входного контроля правильности оформления поступающих документов, контроль соблюдения сроков поступления первичных документов, предотвращение нарушений формы и сроков предоставления информации.

- ведение всех видов отчётности, регламентируемых вышестоящими органами управления ветеринарной и фитосанитарной службы Россельхознадзора.